音楽情報科学研究会では、学際領域ならではの目標や時代を反映したテーマに機動的かつ柔軟に対応するため、ワーキンググループ(WG)を設定しています。現在、インターカレッジWG、計算論的生成音楽学WG（GMI）がワーキンググループとして活動しています。
インターカレッジWG
インターカレッジWGは、音楽情報科学関連の研究系・創作系の学科を有する大学間の交流を目的として設立されました。 1995年より毎年、インターカレッジ・コンピュータ音楽コンサートを音楽情報科学研究会と共催しています。ここで言う「コンピュータ音楽」の意味については、こちらをご覧下さい。詳しい活動内容はインターカレッジWGホームページに掲載されています。
計算論的生成音楽学WG(Generative Music Informatics WG) 2011.10 発足
計算論的生成音楽学WG（通称GMI）はSymbolicに表現された音楽および音楽演奏の生成とその評価方法に関する議論を通じて、音楽を理解する計算機の実現、ひいては人間の音楽の認知過程を明らかにしていくことを目的としています。
現在は主に博士課程の学生を中心に、勉強会を実施しております。
Rencon WG（2012 国際ワークショッププロジェクトとして独立）
Rencon WGは、演奏生成システムの評価方法を追求することを目的として始まりました。2002年より、演奏表現をテーマとするワークショップ、演奏生成システムによる音楽コンテストを実施しています。
2012年より、音楽情報科学研究会WGとしての活動は休止し、国際ワークショッププロジェクトとしてRencon活動を展開することとなりました。
Renconの詳しい活動内容、演奏生成例、参考文献についてはRencon ホームページをご覧ください。